Действие игры проходит после 4 сезона, не включая спецвыпуски.
Наш мир.
Доктор оставил Розу и Джона в параллельно мире, Дону оставил на попечение ее родных, а сам отправился на красную планету. Познакомившись в первыми колонистами Марса, он не стал менять историю Земли и благополучно оттуда улетел. Все случилось так как должно было случится, все они погибли. После этого случая Доктор стал путешествовать один, спасая миры и планеты. Мастеру удалось вернуться к жизни и он продолжил задуманное, только вот пока решил, что Доктору совсем не обязательно знать, что он жив, а значит вел себя очень тихо, скрываясь в толпе людей. Торчвуд, под руководством капитана Джека Харкнесса, продолжал заниматься обычными делами, ловлей пришельцев. А так же Джек ввел в свою команду двух новых членов Марту Джонс, которая раньше работала на ЮНИТ, но после того как на Землю напали Далеки, решила оттуда уйти, в команде она заменила Оуэна, медицинское образование тут пригодилось. А так же Микки Смит приятель Розы Тайлер, который пожелал остаться в настоящем. Так что он то же решил работать на Торчвуд.
Параллельный мир.
После того как Доктор отправил Розу домой, теперь как он полагал уже навсегда, к тому же с ней теперь был клон Доктора, которого звали Джон Смит, у нее просто не было повода возвращаться. Девушка сдержала свое обещание Доктору жить хорошо и делать Джона лучше. Через несколько месяцев совместной жизни, они сыграли свадьбу. У Розы подрастал братик и она начала задумываться о собственных детях. Так как у Джона были все воспоминания Доктора и такой же характер, то он возглавил Торчвуд в этой реальности. Роза работает вместе с ним. В этой реальности Оуэн и Тошико живы, Янто сделал предложение Лизе. Лиза - это симпатичная девушка, которая раньше работала на Торчвуд - 2, в отличие от настоящего она выжила при взрыве, так как взяла отпуск и ее не было в городе. Все приходило в норму, так как проход между измерениями был закрыт, то пришельцев тут практически не было и все стали думать о своей личной жизни и заводить детей. Так шли годы. Джон собрал свою звуковую отвертку, обычно с помощью нее он чинил все приборы, а так же нашел на складе Торчвуда психобумагу, так что стал еще больше походить на Доктора, постоянно возмущаясь, что он человек и это ему нужно, что бы хоть как-то вернутся к прошлому.
21 декабря 2012 год (время когда миры объединяются):
Как мы уже выяснили у Розы и Джона родились дети (мальчик и девочка) их назвали Николь и Алекс, дети часто слушали рассказы отца о Докторе, о том как он спасал миры. Когда дети выросли, то они решили, что им то же хочется приключений. Поэтому вместо того, что бы идти в школу, они стащили у папы звуковую отвертку и психобумагу. То что их родители работают в Торчвуде играло им на руку, ночью они туда пробрались и взяли приборы для скачков в измерениях, к их счастью временной тоннель между измерениями был открыт, так что проблем не возникло, после того как они ушли двери реальности захлопнулись. Двое подростков оказались в совершенно другом мире, они перенеслись в Кардифф. В скором времени в Кардиффе появляется Доктор, что бы подзарядить ТАРДИС. И все было бы хорошо, если бы на ребят не напали пришельцы, Доктор не мог допустить гибели детей, поэтому спас. Николь и Алекс сказали ему спасибо и отправились дальше осматривать достопримечательности. Пока было время Доктор то же осматривался, он гулял по городу в поисках чего-то необычного. Ну так как ничего такого не было, а с Джеком ему не очень то хотелось встречаться, то он отправляется прямиком к пространственно временному кораблю, какого было его удивления, когда в ТАРДИС его ждали те самые подростки. Доктор решил, что раз дети здесь, то стоит им показать вселенную, к тому же ему было очень скучно одному, а дети есть дети. Во время путешествий он начал замечать за детьми маленькие странности, что они могли за себя постоять, непонятным образом выбирались из проблемных ситуаций и чем-то напоминали его самого. Он решил выяснить, кто они такие, но дети не собирались все вот так просто ему выкладывать. Вскоре его начало пугать тот факт, что дети знают о нем больше чем, кто либо другой. Ему все же удалось выяснить, что это дети Розу и Джона, что все объясняло, а значит он был за них в ответе, правда он понятия не имел как их можно вернуть родителя. Когда они все же вернулись в Кардифф, то узнали много интересного. В Лондоне потерпело крушение НЛО, прямо рядом с Букенгемским дворцом. Торчвуд-3 этим заинтересовались, поэтому уехали в Лондон, что бы понять в чем там дело. Доктор то же решил все разузнать, но не оставлять же детей одних, пришлось их взять с собой. Когда они прибыли в Лондон, то всю территорию рядом с дворцом отрезали. Торчвуду удалось узнать, что в космическом корабле никого нет, если там кто-то был, то он ушел. Доктору удалось выяснить не больше. В Лондоне вводится чрезвычайное положение. А тем временем по Лондону спокойно разгуливали повелители времени, а в корабле обнаружился странный вирус, который вызывал мутации людей при попадание в кровь. Этими повелителями времени были Мастер и Дженни. Они встретились на одной планете, Мастеру удалось узнать, что Дженни формально является дочерью Доктора, а значит ее можно будет использовать. Он пообещал Дженни показать всю вселенную, рассказать ей о повелителях времени, она согласилась с ним путешествовать, они угнали корабль с той планеты где находились, но в погоне их немного подстрелили, поэтому вынужденная посадка на Земле. Мастер хочет создать на Земле новый Галлифрей, но на этот раз он решает начать с другого, а именно заманить на свою сторону ни в чем не повинных людей используя для этого все свои средства, а так же он хочет вновь встретится со своей спутницей Люси, что бы подарить ей весь мир и может быть разделить бремя власти.